De kerkelijke geschiedenis van Zeeland begint eigenlijk al in de 7e eeuw. De monnik Willibrord heeft er omstreeks 690 het christelijk geloof gepredikt. Toen de bevolking op de Zeeuwse eilanden vanaf omstreeks 1150 groeide, ontstonden er parochies en werden kloosters gesticht.
In de 16e eeuw ontstonden bewegingen die zich verzetten tegen de rooms-katholieke kerk. Het begon met Maarten Luther, die de kerk wilde hervormen en in 1517 zijn beroemd geworden stellingen in Wittenberg publiceerde. Ondanks de houding van Karel V, die trouw bleef aan de middeleeuwse kerk en de nieuwe leer niet steunde, kregen de geestverwanten van Luther in Zeeland vrij snel voet aan de grond.
Een radicalere hervormingsbeweging sijpelde in de jaren ‘30 van de 16e eeuw door naar Zeeland. Deze wederdopers of anabaptisten keerden zich fel tegen het gevestigde gezag en dachten dat de komst van het rijk van God op aarde nabij was. Zij eisten afschaffing van alle in hun ogen bijgelovige kerkelijke gebruiken en streefden naar een zuivere christelijke gemeente van mensen die hun geloof openlijk beleden en op grond daarvan de doop ontvingen.
Het calvinisme drong vanaf 1550 Zeeland binnen via Vlaanderen en heeft het diepste wortel geschoten. Met name in de handelscentra Middelburg en Veere vond het reformatorisch geluid weerklank. De komst van vele immigranten naar Zeeland vanaf de jaren ‘70 van de 16e eeuw versterkte de godsdienstige verscheidenheid in het gewest.
Er werden enkele hervormingen in de rooms-katholieke kerk doorgevoerd, maar de opmars van de hervormingsgezinden was niet meer te stoppen. De repressie die de hertog van Alva na zijn komst in 1567 tegen de ‘ketters’ uitoefende, kon het tij ook niet meer keren.
In de jaren ‘70 van de 16e eeuw sloot Zeeland zich aan bij de Opstand tegen het Spaanse gezag. Tegelijkertijd werd de gereformeerde religie uitgeroepen tot het enige geloof dat in het openbaar in het gewest mocht worden uitgeoefend. Er veranderde veel: kerken gingen over, kloostergemeenschappen werden ontbonden en geestelijke gebouwen werden anders ingericht en gingen over in handen van de wereldlijke overheid.